In der Säkularisation von 1803 wurden alle Klöster aufgehoben und enteignet. Die Mönche und Nonnen mussten gehen, kostbare Ausstattungen und Bibliotheken wurden verkauft, die Gebäude neuen Nutzungen zugeführt. Auch in Schussenried hatte die Säkularisation diese Auswirkungen.
Napoleon Bonaparte um 1804.
Die deutschen Verbündeten von Napoleon Bonaparte verloren ihren Besitz auf linksrheinischem Gebiet. Weil er sie jedoch als Verbündete in seinem Russlandfeldzug brauchte, versprach er ihnen als Ersatz den Besitz der Klöster. Die oberschwäbischen Reichsklöster wie Schussenried oder Ochsenhausen waren als Entschädigung für die Reichsgrafen vorgesehen.
Abt Siard Berchtold musste 1802 abdanken.
Der letzte Abt Siard Berchtold wurde 1802 zur Abdankung gezwungen. Die neuen Besitzer waren die Reichsgrafen von Sternberg-Manderscheid. Die Erbtochter der Familie, Gräfin Augusta von Manderscheid, übernahm das Kloster und machte aus ihm ein Schloss. Von den 30 Priestermönchen blieben 18 vor Ort, um im Auftrag der Gräfin weiterhin die Pfarreien zu betreuen. 1806 kam Schussenried unter württembergische Herrschaft. Teile des Kirchenschatzes und die Klosterbibliothek wurden verkauft.
Die Gießerei der Wilhelmshütte, etwa 1840.
Die Bevölkerung verlor ihren Arbeitgeber und verarmte. Die Situation verbesserte sich, als der Staat 1840 auf dem Klosterareal ein Eisenschmelzwerk mit Hochofen errichtete, die Wilhelmshütte. Hierfür riss man einen großen Teil der ehemaligen Klosteranlage ab. Bis zur Einstellung des Gießereibetriebs 1998 prägte die Wilhelmshütte das südliche Klostergelände. Initiator dieser neuen Strukturpolitik im einstmals bäuerlichen Oberschwaben war König Wilhelm I., der dem Hüttenwerk auch seinen Namen gab.
Neubauten des Zentrums für Psychiatrie.
Lange standen die verbliebenen Klostergebäude leer, bis der Staat 1875 die „Königliche Heil- und Pflegeanstalt“ einrichtete. Zahlreiche Neubauten für die Anstalt bestimmen bis heute das Umfeld des ehemaligen Klosters. 1997 räumte das Psychiatrische Landeskrankenhaus den Konventbau, die Nachfolgerin, das „Zentrum für Psychiatrie Südwürttemberg“ ist in verschiedenen Gebäuden auf dem Klostergelände untergebracht. Der barocke Konventbau dient heute als vielseitiges Kunst- und Kulturzentrum.
