Vor 200 Jahren veränderte die Säkularisation den deutschen Südwesten: Nach den napoleonischen Kriegen gingen Gebäude, Ländereien und Vermögen der Klöster und Bistümer in staatlichen Besitz über. Die Auswirkungen reichen bis in die Gegenwart – für die meist leer stehenden Gebäude mussten immer wieder neue Nutzungen gefunden werden. Auch das Kloster Schussenried war von der Aufhebung geistlicher Einrichtungen und der Übernahme kirchlichen Eigentums betroffen.
Dem hilflosen Abt Siard Berchtold wurde bereits am 1. Dezember 1802 die Abdankungserklärung vorgelegt, auch wenn die Enteignung durch den Reichsdeputationshauptschluss erst im Februar 1803 erfolgte. Die neuen Besitzer waren die Reichsgrafen von Sternberg-Manderscheid, die für die an Frankreich abgetretenen linksrheinischen Besitzungen entschädigt wurden. Die Erbtochter der Familie, Gräfin Augusta von Manderscheid, übernahm den Besitz und machte aus dem Kloster ein Schloss. Die ehemaligen Chorherren tauschten das weiße Ordensgewand gegen einen schwarzen Talar und schlossen sich zu einer losen Gemeinschaft zusammen.
Als aber 1806 die Herrschaft von Sternberg-Manderscheid unter württembergische Oberhoheit geriet, schaffte man diese Vereinigung wieder ab und mit ihr den Chorgottesdienst. Herzog Friedrich von Württemberg, ein Parteigänger Napoleons, hatte neben der Königswürde große Ländereien, zu denen auch Schussenried zählte, erhalten. Da die reichsgräfliche Familie den Forderungen des neuen Herren nicht nachkommen konnte, wurde Schussenried unter Zwangsherrschaft gestellt. Die Klosterbibliothek und Teile des Kirchenschatzes wurden konfisziert. 1835 erfolgte der endgültige Verkauf der restlichen Bibliotheksbände an einen Stuttgarter Antiquar.
1835 verkauften die Reichsgrafen für eine Million Gulden die Herrschaften Schussenried und Weißenau an das württembergische Königshaus. Der Staat entschied sich die Liegenschaften wirtschaftlich zu nutzen und eröffnete 1840 auf dem Klosterareal die Wilhelmshütte, ein Eisenschmelzwerk mit Hochofen. Hierfür hatte man einen großen Teil der ehemaligen Klosteranlage abgerissen: den Ostflügel des Neuen Klosters zu zwei Dritteln und die im Osten liegenden Teile des Alten Klosters.
Lange standen die verbliebenen Klostergebäude leer. Den Plan, die Anlage in eine Kaserne zu verwandeln, wie in den ehemaligen Klöstern Weingarten und Wiblingen geschehen, verwarf man. Stattdessen richtete man 1875 die „Königliche Heil- und Pflegeanstalt“ ein. Zahlreiche Neubauten der Anstalt bestimmen bis heute das Umfeld der Anlage. 1997 räumte das „Psychiatrische Landeskrankenhaus“ große Teile des ehemaligen Klostergebäudes. Heute nutzt man es als Akademie- und Dienstleistungszentrum und „Treffpunkt für Bildung, Innovation und Kultur.“