Das 1183 von den Ortsherren Berengar und Konrad von „Schuozenried“ gegründete Kloster zeigt sich auch heute noch, trotz aller baulichen Veränderungen und Umnutzungen, als typische Klosteranlage des Prämonstratenserordens: Zwischen einem südlichen Konventtrakt aus dem Spätmittelalter und einem nördlichen Trakt aus der Zeit des Barock liegt ein in seinen Fundamenten über 800 Jahre alter Sakralbau, eine spätromanische Pfeilerbasilika. 1440 wurde das Kloster zur Abtei erhoben, und in der Folge beschloss Abt Heinrich Österreicher die Klosterkirche umzugestalten.
Über die Jahrhunderte entwickelte sich aus den anfänglich kleinen Besitztümern des Ordens ein reichsunmittelbarer Klosterstaat von beinahe 4100 Hektar Fläche, der gut zu wirtschaften verstand. Kaiserliche und päpstliche Privilegien sowie Bestätigungen und Schenkungen brachten dem Kloster Grundbesitz, Ortsherrschaften und Kirchenpatronate ein.
Die Blütezeit des Klosters fand mit dem 30-jährigen Krieg ein abruptes Ende. Schwedische Soldaten legten 1647 Feuer, zerstörten das Langhaus der Kirche und verwüsteten das klösterliche Territorium. 1748 beauftragte man den berühmten Rokoko-Baumeister Dominikus Zimmermann, eine neue Klosteranlage zu planen. Das Planungsmodell des Meisters hat die Zeit überdauert und kann heute im neuen Kloster betrachtet werden. Zeitgenossen wie der Benediktinermönch Johann Nepomuk Hauntinger bewunderten den imposanten Entwurf: „Wenn dies Stift einst dem schönen Plane nach, den man uns vorgezeigt, ausgeführt wird, so muss es eines der herrlichsten in Deutschland abgeben.“
Das mittelalterlich geprägte Kloster sollte in eine hochbarocke Vierflügelanlage umgebaut werden.
1749 beschloss der Konvent den Bau des neuen Klosters: „den 9. april 1749 ist capitulriter proponiert und geschlossen worden, ein newes closter zue bawen, ist solches auch gleich von unserem Bawmeister Jakob Emele ausgesteckht worden.“ Der ortsansässiger Klosterbaumeister Jakob Emele realisierte die barocke Anlage unter Abt Magnus Kleber. Herzstück ist der Bibliothekssaal. 1763 jedoch stellte man das Projekt, nachdem erst etwa ein Drittel realisiert worden war, wegen Überschuldung ein.
Das Kloster war weiterhin der geistliche und weltliche Mittelpunkt eines gut organisierten, kleinen Klosterstaates. Die Chorherren predigten in den umliegenden Pfarrkirchen und unterrichteten an der weit über Schussenried hinaus bekannten Klosterschule. Zu ihrem Unterrichtsstoff zählten nicht nur die Fächer Religion, Latein und Geschichte, sondern auch Algebra und Geometrie, Gartenkunst, Dramaturgie, Musik und Bierbrauen.
Im Zuge der Säkularisation von 1803 wurde das Schussenrieder Kloster aufgelöst. Der letzte Abt des Klosters, Siard Berchtold, floh vor den sich nahenden französischen Truppen und brachte einen Teil des Klosterschatzes nach Tirol. Das Kloster als selbstständige Herrschaft fiel an das reichsgräfliche Haus von Sternberg-Manderscheid und wurde zum Schloss.
1806 geriet die Anlage mitsamt ihrem Territorium unter württembergische Oberhoheit. 1835 erfolgte dann der vollständige Verkauf an das königliche Haus. Dieses entschied sich für eine öffentliche Nutzung des Klostergebiets und baute 1840 ein Eisenschmelzwerk. In den verbliebenen Klostergebäuden eröffnete man 1875 eine „Königliche Heil- und Pflegeanstalt“. In neuen Bauten auf dem nördlichen Klosterareal befindet sich heute noch das "Zentrum für Psychiatrie Bad Schussenried". Die Räume des barocken Konventbaus werden seit 2000 regelmäßig für Ausstellungen und Kulturveranstaltungen genutzt.